Остров имеет округлую форму диаметром менее 500 метров, в центральной части находится небольшая скала. С побережьем граничит удобная песчано-галечная коса, прикрытая от ветров скалистыми рифами и островами Пайера и Столичка. Остров Аполлонова расположен в центре богатого моллюсками мелководья, что объясняет существование здесь крупнейшего на архипелаге Земля Франца-Иосифа лежбища атлантических моржей. Здесь может одновременно собираться до тысячи особей.
Моржи весьма требовательны в выборе местообитаний. В некоторые годы вы не увидите моржей на берегу, большинство их будет лежать на дрейфующих у острова льдинах, остальные – плавать вокруг. На льду моржи чувствуют себя в большей безопасности. Во второй половине лета моржи линяют и выходят на берег, если вокруг нет подходящих льдин.
Также можно увидеть небольшой птичий базар, который располагается с другой стороны острова. Обыкновенная гага гнездится как на острове Аполлонова, так и на соседних рифах Миловзорова. Как и морж, птица питается донными моллюсками, поэтому их часто встречают в одних и тех же мелководных местах. С конца июля на море можно увидеть выводки утят. Часто кормятся рядом с моржами и полярные крачки, выхва¬тывая из воды поднятых со дна беспозвоночных. Небольшая колония люриков и бургомистров расположена на скалах с противоположной стороны от лежбища.